El Área de Prehistoria está compuesta por tres profesores, uno de ellos de perfil prioritariamente investigador, y un contratado predoctoral FPI adscrito al proyecto FORNACIS. Su docencia se concentra en el Grado de Historia y Patrimonio Histórico y algunas colaboraciones en el MUI y el MUIH. Todos ellos participan en el Programa de Doctorado Interuniversitario en Arqueología Espacial (Universidad de Jaén y Universidad de Extremadura). A nivel investigador sus componentes conforman, junto a otros investigadores externos de diversas universidades y centros, el G.I. PRETAGU (Grupo de Estudios Prehistóricos Tajo-Guadiana) y llevan a cabo proyectos diversos sobre la prehistoria y protohistoria regional, con particular atención al poblamiento y a las formas de poder durante las Edades del Cobre, Bronce y el Período Orientalizante. Entre 2011-2015 han llevado a cabo un proyecto y una acción complementaria del Plan Nacional I+D+i del MINECO sobre El Tiempo del Tesoro de Aliseda. Durante el trienio 2015-2017 desarrollaron un proyecto sobre la explotación tartésica del estaño en San Cristóbal de Logrosán, integrado también en el Plan Estatal I+D+I Excelencia del MINECO. Entre los años 2020-2024 se acomenterán los proyectos El oppidum de Fornacis en el marco histórico de la Beturia. Arqueología y patrimonio de un paisaje de la conquista romana (PID2019-104505GB-I00), Proyectos de I+D+i-PGC del Ministerio de Ciencia e Innovación y Los complejos rurales del Salor en el tiempo del Tesoro de Aliseda: La Ayuela y La Estación (Cáceres) del PRI de la Junta de Extremadura (IB20010). Así mismo se vincula a este Área el Laboratorio de Prehistoria, especializado en análisis antracológicos.