El Área de Historia Moderna se compone de ocho profesores y dos becarias. Su docencia se concentra en el Grado de Historia y Patrimonio Histórico, con participaciones diversas en los Grados de Historia del Arte y Patrimonio Artístico, Geografía y Ordenación del Territorio, Filología Clásica, Filología Hispánica y una colaboración en el MUI. Seis de sus miembros participan en el Programa de Doctorado de Patrimonio, coordinado por la Universidad de Córdoba. La mayor parte de sus componentes forman parte del G.I. Gehsomp  (Grupo para el Estudio de la Historia Social en el Occidente Moderno Peninsular) tiene como objetivo esencial el conocimiento de esta parcela de la Historia Moderna, en especial los complejos procesos vinculados al espacio fronterizo. Las principales líneas de investigación del Gehsomp se centran en la historia de la población y la familia, las relaciones epistolares y la cartografía histórica, la historiografía y la administración local. Una de sus profesoras pertenece al G.I. HUM-155 de la Junta de Andalucía, coordinado desde la Universidad de Jaén, y estudia las imbricaciones político-religiosas en la España moderna, entre otros temas de investigación.